清朝道光年后，由于国力衰弱，宣布撤三山陈设，清漪园逐渐荒废。

咸丰十年（1860年），清漪园被英法联军大火烧毁。

光绪十年至二十一年（1884年至1895年），为慈禧太后退居休养，以光绪帝名义下令重建清漪园。由于经费有限，乃集中财力修复前山建筑群，并在昆明湖四周加筑围墙，改名颐和园，成为离宫。

光绪二十八年（1902年）修复。颐和园尽管大体上全面恢复了清漪园的景观，但很多质量上有所下降。许多高层建筑由于经费的关系被迫减矮，尺度也有所缩小。如文昌阁城楼从三层减为两层，乐寿堂从重檐改为单檐，也有加高的建筑，如大戏楼。苏州街被焚毁后再也没有恢复。由于慈禧偏爱苏式彩画，许多房屋亭廊的彩画也由和玺彩画变为苏式彩画，在细节上改变了清漪园的原貌。

宣统三年（1911年）十二月二十五日溥仪退位，颐和园作为溥仪私产，仍由清室内务府管理。

颐和园是晚清最高统治者在紫禁城之外最重要的政治和外交活动中心，是中国近代历史的重要见证与诸多重大历史事件的发生地。

由于皇家经费逐年短欠，清室财源日趋枯竭，为补贴园林的财政，民国三年（1914年）1月14日，清室内务府将颐和园改为售票参观。4月外交部、内务部、步军统领衙门和清室内务府商定：“于开放游览之中、寓存筹款之意”，提出《颐和园等处售券试办章程》。规定从5月6日开始正式对社会售票。

自2019年1月1日起，颐和园的门票收入由税务部门负责征收。

颐和园占地面积达293公顷，主要由万寿山和昆明湖两部分组成。各种形式的宫殿园林建筑3000余间，大致可分为行政、生活、游览三个部分。

以仁寿殿为中心的行政区，是当年慈禧太后和光绪皇帝坐朝听政，会见外宾的地方。仁寿殿后是三座大型四合院：乐寿堂、玉澜堂和宜芸馆，分别为慈禧、光绪和后妃们居住的地方。宜芸馆东侧的德和园大戏楼是清代三大戏楼之一。

颐和园自万寿山顶的智慧海向下，由佛香阁、德辉殿、排云殿、排云门、云辉玉宇坊，构成了一条层次分明的中轴线。山下是一条长700多米的“长廊”，长廊枋梁上有彩画8000多幅，号称“世界第一廊”。长廊之前是昆明湖。昆明湖的西堤是仿照西湖的苏堤建造的。

万寿山后山、后湖古木成林，有藏式寺庙，苏州河古买卖街。后湖东端有仿无锡寄畅园而建的谐趣园，小巧玲珑，被称为“园中之园”。

清漪园时期，乾隆皇帝对文玩多有搜罗，商周铜器、唐宋元明瓷玉及书画很多，当时着录的陈设达四万余件，清廷内务府专门设立《陈设清册》，建档管理。

鸦片战争后，由于清朝国力转衰，清漪园陈设有所裁撤，至咸丰五年（1855年）时实有陈设三万七千五百八十三件。咸丰十年（1860年），包括清漪园在内的BJ西北郊的五座大型皇家园林，皆遭英法联军野蛮焚掠。据英法联军劫掠后的清册载，清漪园各处陈设物品只剩有五百三十件，而且多残破不整。

1900年，八国联军攻入BJ，颐和园再遭浩劫，园藏文物又被毁掠一空。1902年，慈禧再次修复颐和园并大力充实园内陈设。

新中国成立后，颐和园园藏文物计有四万余件，品类涉及铜器、玉器、瓷器、木器、漆器、书画、古籍、珐琅、钟表、竹器、乐器、根雕、杂项等，几乎涵盖了中国传世文物的所有门类，并有不少外国文物；从价值上看，国家级文物有二万余件，其中包括虢宣公子白鼎、三牺尊、缂丝长轴佛像图等国宝级珍品。

光绪十六年（1890年），在颐和园东宫门外右侧建一小型发电厂，称“颐和园电灯公所”，供给颐和园电灯照明。该所与城内“西苑电灯公所”同为BJ最早的发电设施。

光绪二十四年（1898年）四月二十八日（6月16日），光绪帝在颐和园仁寿殿召见康有为，命康在总署章京上行走，并许其专折奏事。自四月二十三日宣布变法后，光绪帝曾连赴颐和园12次，召见维新派人士，筹划变法事宜。八月初四日（9月19日），慈禧太后自颐和园回宫。两天后，她发动政变，囚禁光绪帝，逮捕杀害维新派人士，戊戌变法失败。在变法期间（6月至9月间），慈禧一直住在颐和园。颐和园成为守旧派反对变法、准备政变的中枢。变法失败后，光绪被长期幽禁在园中的玉澜堂。